Die Qualitätssicherungs- und Beratungsstelle ist das beratende Organ für Fragen der Hygiene, Deklaration, Rückverfolgbarkeit usw. zu Gunsten der ganzen Branche. Durch ein engmaschiges Selbstkontrollsystem wird das HACCP-Konzept der Lebensmittelgesetzgebung bzw. Hygieneverordnung in der Branche umgesetzt.

Dank einer umfassenden Zusammenarbeit mit akkreditierten Labors werden Proben aus den Betrieben der Schweizer Fleischwirtschaft in den Bereichen Mikrobiologie und Chemie analysiert und ausgewertet. Ganz besonders werden die Proben in den Bereichen Reinigung, Desinfektion, Schlachttierkörper, Rohmaterial und Fertigprodukte bzw. verkaufsfertigen Artikeln erhoben und wissenschaftlich beurteilt. Für die anderen Bereiche (Deklaration, Rückverfolgbarkeit usw.) ist die QKS das eigentliche Hilfs- und Auskunftsorgan zu Gunsten von Metzgereibetrieben der Schweiz.